프로트악티늄(Protactinium, Pa)이라는 이름은 그리스어로 먼저라는 뜻의 프로토스(protos)와 악티늄(actinium)을 합친 말에서 왔다. 프로트악티늄이 방사성 붕괴(방사성 원소가 다른 원소로 변하는 과정)를 거쳐 악티늄이 되기 때문에, 악티늄보다 앞에 있는 원소라는 뜻이 담겨 있다.
1913년 독일 화학자 파얀스(Kasimir Fajans)와 괴링(Otto Göhring)은 반감기(방사성 물질의 양이 절반으로 줄어드는 데 걸리는 시간)가 약 6.7시간인 프로트악티늄-234를 확인했다. 1918년에는 마이트너(Lise Meitner)와 한(Otto Hahn)이 우라늄 광석에서 반감기가 약 3만 2760년인 프로트악티늄-231을 분리했다.
프로트악티늄은 우라늄 광석과 원자로에서 쓰고 난 핵연료에서 분리해 얻는다.